Начало первосвятительства Макария пришлось на сложное время политических интриг и дворцовых усобиц при малолетнем Иване Грозном. Его предшественники были сосланы в дальние монастыри спорящими между собой боярскими партиями. Видя борьбу бояр за власть, митрополит Макарий ясно осознавал необходимость устроения на Руси царского единодержавия. Именно поэтому в 1547 году он венчает юного Ивана Грозного на царство, полностью соблюдая византийский церковный обряд коронования императоров. Через некоторое время от Константинопольского патриарха была получена грамота, признающая царское достоинство за Иваном и его потомками. Таким образом, православный мир окончательно признал рождение нового Московского царства. Эти обстоятельства заставляли по-новому осмыслить и статус Русской Церкви. Чуть позже, менее чем через полстолетия, московских митрополитов нарекут патриархами. Немало сделал для этого митрополит Макарий, которого называют «собирателем Русской Церкви».
Святитель Макарий возродил соборное начало в церковной жизни Руси. При нем через каждые полтора-два года собирались соборы, на которых принимались важные решения по церковному устроению. Первые из них были посвящены утверждению духовного величия Русской Церкви. На них были канонизированы 39 новых русских святых. Эти соборы вызвали большой духовный подъем в русском обществе. Летописец радостно замечает: «Теперь сияет земля Русская славою святых своих по всей вселенной». Канонизация святых в свою очередь способствовала развитию русской книжности, литературы и иконописи.
Не забывал митрополит Макарий и о внутренних проблемах Русской Церкви. В 1551 году был созван Собор, который получил название «Стоглав». Этот Собор был призван искоренить нестроения и содействовать упорядочению христианской жизни на Руси.