Но при жизни святого далеко не все местные обитатели спокойно отнеслись к появлению неведомого отшельника на доселе необитаемом острове. Для многих преподобный стал как бельмо на глазу. Пошли толки: с какой это стати сей чужак в одиночку владеет таким красивым островом? По какому праву?
Кругом по берегам Селигера стояли безбрежные строевые леса, но почему-то именно роща на острове Столобном вдруг ни с того ни с сего понадобилась крестьянам для хозяйственных нужд. Они стали нещадно рубить сосны и дубы, а под конец и вовсе решили спалить все деревья под пашню.
«Молю вас ради Христа, оставьте мне хотя бы одну сосну над моей землянкой!» — так упрашивал недоброжелателей преподобный Нил. Но они не слушали его и подожгли весь остров. Как говорит предание, по молитве святого Нила только его любимая сосна уцелела в пламени.
Постепенно враги преподобного Нила раскаялись в содеянном, убедившись в силе его молитвы и человеческой доброте. Святой победил их злобу своим смирением и любовью. Многих он оградил от житейских бед своими разумными советами, многих укрепил в христианской вере и благочестивой жизни.
Однако святому Нилу еще предстояли тяжкие испытания, и вновь — от разбойников. Они думали, что люди приносят преподобному деньги.
«Ты представляешь, сколько серебра скопилось у этого старца в его землянке за столько лет? Ведь он ни на что не тратится! Пойдем и ограбим его».
В то время святой Нил копал огород. Разбойники подошли к нему и стали требовать накопленных сокровищ. Преподобный привел их к себе в землянку.
«Вот, чада, все мое сокровище. Там, в углу».
И грабители увидели икону Пресвятой Богородицы. Больше, кроме ветхого рубища, в келье не было ничего. С тех пор этот чудотворный образ именуется Селигерской иконой Божией Матери.