В 1555 году вновь избранным папой становится верховный инквизитор, принявший имя Павла IV. Несмотря на преклонный возраст (а ему в момент избрания было 79 лет), Павел IV продолжал с прежним рвением преследовать еретиков. Хронисты отмечают, что он не пропустил ни одного еженедельного заседания инквизиционного трибунала. Ему всюду, даже в своем ближайшем окружении, мерещились еретики, которых он старательно уничтожал. Находясь на смертном одре, папа завещал оказывать максимальную поддержку «священной канцелярии». Павел IV управлял Римской Церковью всего лишь четыре года, но за это время он сумел настроить против себя всю Италию. Сразу после его смерти римляне напали на Капитолий и разрушили статую Павла, установленную в его честь еще при жизни понтифика. Голову же статуи вываляли в нечистотах и бросили в Тибр.
Самой же кровавой в истории инквизиции считается испанская инквизиция. Она свирепствовала под непосредственным руководством испанских монархов. Даже в 1826 году там еще пылали костры «священной канцелярии», но это уже был закат непобедимой организации.
Едва ли человеческий ум когда-либо придумает нечто более жестокое и мучительное, чем то, что применяли для «спасения» душ еретиков инквизиционные трибуналы. Сотни тысяч сгоревших на костре, миллионы томившихся в тюрьмах, искалеченных, отверженных, лишенных имущества и доброго имени — таков общий итог деятельности инквизиции. Среди ее жертв — участники еретических движений и противники папства, руководители восстаний, философы и естествоиспытатели, гуманисты и просветители. Имена многих людей благодаря инквизиции стали символом верности патриотическому долгу и научным убеждениям. К числу наиболее известных жертв «священной канцелярии» принадлежат Николай Коперник, Галилео Галилей, Иероним Савонарола, Жанна д’Арк и Джордано Бруно.