Служителям инквизиции было строго предписано не руководствоваться состраданием. «Выбранная жертва связывалась такими путами, — пишет один из современников инквизиции, — вырваться из которых было невозможно. Всякая попытка освободиться от них еще туже затягивала узлы». Обвиненному нельзя было знать имени обвинителя. Причем инквизиторы принимали свидетельства не только от преступников, но даже и от малолетних детей. Формально подозреваемому разрешалось иметь адвоката, но никто не желал его защищать, так как в результате и сам защитник мог оказаться под подозрением. Инквизиция могла обвинить свою жертву в чем угодно. Согласно правилам расследования, само наличие обвинения служило доказательством его обоснованности.
От суда инквизиции не спасали ни социальное положение, ни пол, ни возраст, ни даже смерть. Осуждение распространялось на родственников и потомков в трех поколениях. Крестьянин, защищавший свою собственность от грабительства слуг «священной канцелярии», девушка, не соглашавшаяся на порочную связь с ними, ученый, изучавший непонятные для инквизиторов законы, — все они могли быть обвинены в сношениях с дьяволом. Их пытали, а затем сжигали заживо. Один францисканский монах публично заявил, что «инквизиция при существующей системе могла обвинить в ереси самих апостолов Петра и Павла, и они были бы не в состоянии защитить себя». За такую смелость монаха подвергли пыткам, а затем сожгли.
С особым недоверием инквизиция относилась к людям науки, считая их опасным рассадником еретических воззрений. Были взяты на подозрение все, кто занимался научными изысканиями. Под давлением «священной канцелярии» были распущены академии наук в Модене и Неаполе. Испанский философ Вивес в начале XVI века писал: «Мы живем в столь тяжелые времена, когда опасно и говорить, и молчать, так как и в том, и в другом случае вам могут приписать великое множество проступков». Ему вторит один итальянский богослов того времени: «Сегодня становится все труднее быть христианином и умереть в своей собственной постели».