В то же время Иван оставил за митрополитом право советовать ему, как и «прежние митрополиты советовали его отцу и деду».
Всего лишь полтора года после избрания Филиппа митрополитом в Москве не было слышно о казнях. Весной 1568 года кровь вновь полилась рекой. Многих казнили без суда и следствия, и никто не смел заступиться за опальных. Митрополит Филипп не мог больше молчать при виде стольких злодейств и страданий. Первые его беседы с царем происходили наедине. Святитель также писал Ивану, призывая его опомниться и прекратить кровопролитие. Общеизвестно ставшее поговоркой выражение Грозного о посланиях Филиппа — «Филькина грамота».
Убедившись, что царь не внимает его призывам, митрополит решается всенародно обличить Ивана. Это произошло во время воскресного богослужения в Успенском соборе Кремля. Царь пришел в ярость и, угрожая, велел Филиппу замолчать, на что тот ответил: «Государь! Не думаешь ли, что боюсь я смерти? Лучше умереть невинным мучеником, чем в сане митрополита безмолвно терпеть ужасы и беззакония. Я не посылал ни просьб, ни ходатаев, чтобы получить сан святительский. Ты сам лишил меня моей пустыни». С этими словами митрополит снял митрополичью мантию, но Грозный остановил его, заявив, что Филиппу следует прежде дождаться суда над собой. Иван без труда нашел недоброжелателей, которые в угоду царю лжесвидетельствовали на Филиппа. Его обвинили в порочной жизни, колдовстве и государственном заговоре. Царь настаивал на смертной казни. Но большинство духовенства понимало несправедливость обвинений и вымолило ему жизнь. Филипп был осужден на извержение из сана и заточение в монастырь. Лишь в одном Филипп мог найти себе утешение — в любви к нему простого народа. От ворот