В последующие века Медине угрожали крестоносцы и монголы, однако к городу они так и не подошли. В связи с внешней угрозой, Бувайхид Адуд ад- Даула построил вокруг города крепостную стену, которая, однако, не охватывала весь город. В связи с этим сирийский атабек Нур ад-Дин Занги в 557/1162 построил вторую крепостную стену, охватившую весь город.
Большую опасность для Медины представляло извержение вулкана, которое произошло неподалеку от города в 654/1256 году. Однако лава прошла мимо города в северном направлении. Вторым несчастьем, обрушившимся на город, в том же году был пожар, который произошел в мечети пророка по вине одного из служителей. Тогда сгорел минбар (возвышение для проповеди) и прочие исторические ценности, которые сохранились от пророка Мухаммада и его сподвижников.
После установления контроля над Мединой со стороны Османских султанов, в городе проводилось обустройство и строительные работы. В период правления могущественного турецкого султана Сулеймана I Кануни была выстроена новая крепостная стена высотой около 25 м, вокруг которой был вырыт глубокий ров, наполненной водой. В этот же период улучшилось водоснабжение Медины, к которой была подведена вода из новых источников. Турецкие султаны, которые носили титул Хадим аль-Харамейн (служители двух святынь),16 раз производили ремонтные работы и реставрацию мечети пророка.
В 1804 году Медина была захвачена ваххабитами, которые были выбиты оттуда войсками египетского вассала Османской империи Мухаммада Али в 1814 году.
В 1901 году турецкий султан Абдулхамид II, который пытался противодействовать колонизации мусульманского мира со стороны европейских держав начал строительство железной дороги Стамбул-Медина, которое имело для Османской империи важное военно-стратегическое значение. Строительство дороги было завершено в 1908 году. Однако после начала первой мировой войны, шариф Хусайн перешел на сторону англичан и, объявив себя королем Хиджаза, начал войну с турками.