Несмотря на победу в этом сражении войск Али, политическое положение в государстве после этой победы еще более осложнилось. Против власти Али также выступили различные группы в Египте, Ираке. Однако самое серьезное сопротивление халиф Али встретил в лице правителя Сирии Муа- вии ибн Абу Суфьяна из рода Омейядов, который к тому времени превратился в достаточно влиятельного и популярного человека. Он отказался признавать Али в качестве халифа.
В ответ Али двинулся на него и стороны сошлись в решающем сражении при Сиффине в 37 году. Армия Муавии оказалась в сложном положении и стала терять свои позиции. Тогда сирийцы нанизали на кончики копий листы Корана и призвали Али к Божьему суду. Али пошел им навстречу и тоже склонился к мирному решению проблемы на третейском суде. Однако этот суд окончился безрезультатно. Более того, недовольные этим решением часть сторонников Али отошли от него и образовали секту хариджитов, которые выступили как против Али, так и против Муавии.
В 38 году Али выступил против хариджитов и разгромил их в битве при Нахраване. Однако этот разгром не решил проблемы ликвидации этой мятежной группировки. Более того, хариджиты стали популярными среди определенной части общества в Халифате. Представители этой группировки проникли во все сферы общественной и политической жизни. Немало их было и в армии самого халифа Али. Постепенно они стали использовать тактику партизанской борьбы, заговоров, совершать террористические и диверсионные акции. Эта проблема превратилась в серьезный дестабилизирующий фактор для многих поколений последующих мусульманских правителей.
Воспользовавшись расколом в лагере Али, Муавия перешел к активным действиям. В 38 году его полководец Амр ибн аль-Ас захватил Египет. В 39 году сирийцы уже атаковали Ирак. В 40 году войска Муавии вошли в Хид-